En 1860, des lézardes inquiétantes apparaissent. Des réparations importantes sont faites; des tirants en fer sont placés pour consolider l'édifice. Pendant la durée des travaux, le culte est célébré dans un local loué dans la maison Nahon toute proche; celle-ci servit de presbytère lorsque le culte fut rétabli dans l'église, jusqu'en 1874. Le 28 avril 1861, le premier "conseil de fabrique" qui doit administrer la paroisse est installé; sont nommés fabriciens, MM. Boutillier Nicolas et Chevalier Benoît par décision du commandant de la division du 12 mars 1861 et, MM. Boufleur, Faillant et Flinois par ordonnance de Mgr l'évêque d'Alger du 4 avril 1861. Saïda devient centre de colonisation en 1862 et il faut songer à l'instruction des enfants; vingt mille francs sont engagés pour la construction d'un groupe scolaire qui est ouvert à la rentrée de 1863.

Le capitaine de Sonis, plus tard général, est nommé commandant supérieur du secteur de Saïda. Profondément chrétien, (sa cause est introduite en cour de Rome pour sa béatification), il devait donner à Saïda, comme partout ailleurs où il passa, un essor à la vie spirituelle par son exemple de vie professionnelle, familiale, sociale ou paroissiale. Il s'installa avec sa famille dans une grande maison située en dehors de la Redoute, entourée d'un grand jardin. Il y vivait dans une solitude presque complète ne voyant guère que l'officier des affaires arabes et le curé Lacombe auquel son jeune fils Albert allait servir la messe tous les jours.

C'est dans cette demeure que Mgr Pavy, évêque d'Algérie, descendit et fut reçu avec affection lors de sa visite à Saïda pour la confirmation de la paroisse. L'attitude noble et chrétienne du commandant de Sonis fit reprendre le chemin de l'église à un bon nombre de militaires et de colons. M. Lacombe, devenu curé de Relizane, écrivit en 1890 à Mgr Bonnard, biographe du général de Sonis, l'impression et le bien que fit le capitaine de Sonis à Saïda et conclut sa lettre par ces mots: "ce bon exemple produisit l'effet d'une mission". Partout, à Mascara, puis à Mostaganem, de Sonis exerça une heureuse influence sur les populations tant européennes que musulmanes. Il était si respecté que les arabes l'appelaient "le grand marabout des français", c'est à dire le grand saint, le juste.